Иммунная система кишечника. Заболевания кишечника, связанные с иммунными нарушениями (часть 2)

Роль комменсальной кишечной микрофлоры в иммунной регуляции

Микрофлора кишечника млекопитающих включает в себя все комменсальные бактерии, которые обычно находятся в кишечнике, а также тысячи видов вирусов, грибов и простейших. Млекопитающие и их кишечная микрофлора развили механизмы взаимной выгоды, в том числе для защиты от вторжения чужеродных микроорганизмов наряду с поддержанием равновесия микробиоты путём сведения к минимуму ненужных противовоспалительных иммунных реакций на комменсальные микроорганизмы. Одним из следствий этой коэволюции является глубокое влияние комменсальной микрофлоры на иммунную систему. Эта микрофлора изменяется с возрастом в зависимости от диеты или при наличии болезни. Такие изменения в составе микрофлоры влияют на локальные и системные иммунные функции.

Комменсальные микроорганизмы регулируют врождённые иммунные реакции в кишечнике и системный врождённый иммунитет. В частности, комменсальные бактерии необходимы для пролиферации и восстановления кишечного эпителиального барьера после травмы. Помимо этого, кишечная микрофлора стимулирует экспрессию муцинов и антимикробных молекул (включая дефенсины), которые предотвращают бактериальную колонизацию.

Продукты метаболизма комменсальных бактерий в кишечнике оказывают влияние на системную функцию циркулирующих нейтрофилов и макрофагов. Например, жирные кислоты кишечных бактерий с короткой цепью ослабляют нейтрофилы при наличии воспалительных реакций, в то время как фрагменты пептидогликана усиливают способность циркулирующих нейтрофилов уничтожать грамположительные бактерии. Вероятно, что бактерии кишечника необходимы для противовирусных функций системных макрофагов, дендритных клеток и естественных киллеров.

Кишечные комменсальные микроорганизмы влияют на местный и системный адаптивный иммунный ответ. Так, продукция IgA в слизистой оболочке кишечника, которая является основным адаптивным иммунным механизмом для защиты от патогенных бактерий, проникающих через эпителиальный барьер, зависит от присутствия субпопуляций комменсальных микроорганизмов на слизистой оболочке тонкого отдела кишечника. Также бактериальные антигены комменсальных микроорганизмов опосредованно активируют В-клетки.

Одни виды комменсальных организмов необходимы для накопления Th-17 в кишечнике, другие способствуют развитию T-regs.

В медицине человека выводы о влиянии комменсальных бактерий кишечника на локальные и системные иммунные ответы исходят из множества клинических наблюдений и экспериментальных методов лечения. Однозначно то, что для предотвращения развития вредоносных иммунных реакций и воспаления в кишечнике, вызванных патогенными бактериями, требуется нормальная кишечная микрофлора. К примеру, лечение антибиотиками при инфекциях, которые развиваются за пределами кишечника, будет неизменно изменять состав нормальной кишечной микрофлоры, вследствие чего будет возникать риск развития бактериальных инфекций в толстом отделе кишечника, вызываемых патогенными микроорганизмами.

Установлено также, что риск развития аллергических заболеваний, в том числе астмы, связан с различными вариациями микрофлоры, приобретённой в раннем детстве, или в процессе родов (были это физиологические роды или кесарево сечение), грудного вскармливания и применения антибиотиков.

До сих пор окончательно не известны все механизмы воздействия комменсальной кишечной микрофлоры на системное иммунологическое здоровье.

В связи с этим в настоящее время в медицине человека и ветеринарной медицине проводятся серии различных исследований, свидетельствующих о наличии такого воздействия комменсальных бактерий кишечника на адаптивный иммунитет [1].

Взаимосвязь иммунных нарушений в кишечнике с развитием заболеваний

Дисбиоз у животных

Как уже отмечено ранее, несмотря на то, что нет однозначного понимания, какую роль играет комменсальная микрофлора в регуляции общего здоровья, и какой количественный и качественный состав микрофлоры является нормой для отдельных видов млекопитающих, в ряде случаев прослеживается чёткая взаимосвязь между предполагаемыми дисбиозами и желудочно-кишечными расстройствами, особенно когда речь идёт о медицине человека. Мало того, уже есть подтверждённые данные о том, что пробиотики оказывают благотворное влияние на улучшение клинических показателей при ряде патологий. В связи с этим интерес к роли комменсальной микробиоты всё более возрастает.

На протяжении последних нескольких лет учёные исследуют количественный и качественный состав микробиоты у здоровых собак и кошек. При этом исследования указывают на то, что помимо бактериальных клеток в образцах фекалий могут обнаруживаться также грибы и вирусы. Их роль на сегодня остаётся неясной [2-4].

Роль микробиоты в ЖКТ (желудочно-кишечном тракте) крайне важна. Так, если баланс кишечной микробной экосистемы в норме, то нормальны будут и стимулы для иммунной системы, необходимые для защиты от патогенов. Иммунная система взаимодействует с бактериальными патогенами посредством врождённых механизмов защиты, таких как паттерн-распознающие рецепторы (Toll-like или NOD-2). В то же самое время метаболиты комменсальной микробиоты могут служить фактором защиты: например, жирные кислоты с короткой цепью, которые продуцируются в процессе ферментации пищевых волокон в толстом отделе кишечника. Помимо этого хорошо известно использование микроорганизмами метаболитов организма хозяина, например, преобразование первичных желчных кислот во вторичные, которое может достигаться только при участии кишечной микробиоты. Оптимальное соотношение первичных и вторичных желчных кислот является важным фактором кишечного гомеостаза ввиду того, что благодаря этому подавляется развитие воспаления в кишечнике и возникает препятствие росту патогенных микроорганизмов, к примеру, Clostridium difficile. Дисбиоз в кишечнике приводит к изменению соотношения желчных кислот, а значит, могут возникнуть метаболические нарушения [5-6].

Были проведены исследования, направленные на определение соотношения различных видов кишечной микробиоты и описание её метагенома (метагеном — набор генов всех микроорганизмов, находящихся в образце), при различных состояниях [7-9].

Дисбиоз у животных был описан у собак с заболеваниями ЖКТ, такими как острая диарея и хроническая энтеропатия. И оказалось, что при хронической энтеропатии у собак происходит изменение соотношения микроорганизмов. В частности, увеличивается количество Proteobacteria (например, Escherichia coli, Diaphorobacter spp.); в то же время уменьшается Fusobacteria, Bacteroidetes; а также Firmicutes (например, Faecalibacterium spp., Ruminococcaceae, Turicibacter spp., Blautia spp.) [10-11].

Помимо этого, был предложен так называемый индекс дисбиоза у собак при хронических энтеропатиях. Для оценки микробиоты исследователи применяли высокотехнологичные молекулярные методы, которые позволили обнаружить весь пул бактерий, имеющихся при этих заболеваниях. В рамках исследований был также проведён сравнительный анализ микробиоты кишечника у больных и здоровых собак [12].

В целом, идея использования препаратов, которые необходимы, как минимум, для нормализации микробиоты в желудочно-кишечном тракте при различных заболеваниях кишечника у собак и кошек, кажется привлекательной. В частности, компания Nestlé Purina оценила ряд исследований и провела собственные данные, доказывающие, что энтерококки относятся к нормальной микрофлоре и обнаруживаются во всех отделах кишечника у здоровых собак и кошек. В связи с этим был выбран Enterococcus faecium (штамм SF68®) в качестве пробиотика для использования в пищевых добавках для собак и кошек (продукт — PRO PLAN® FortiFlora®). В проведённых исследованиях было показано благотворное влияние пробиотика на здоровье щенков и котят, а также эффективность препарата при наличии диареи у котят и хронической диареи у взрослых кошек (Дж. Л. Чарнецки-Молден, К. Кавадини, Д. Лоулер, исследование Nestle Purina PetCare). (Рис. 4)

  

Рисунок 4. FortiFlora® – эффективный пробиотик

Любопытным кажется недавнее исследование японских учёных, которые использовали штамм бактерии Enterococcus faecalis в качестве пробиотика у собак, страдающих атопическим дерматитом (АД). Мотивацией для проведения такого эксперимента явились подобные ранее проведённые исследования на лабораторных мышах и на людях. По мнению авторов, патогенез АД до конца не изучен. В связи с этим изучение зависимости развития симптомов при АД у собак от дисбиоза кишечника представляет интерес. Результат исследования показал видимые улучшения в контрольной группе животных (получавших препарат) по отношению к группе плацебо. Это, в свою очередь, определённым образом заставляет задуматься о присутствии механизмов иммунной модуляции в случае применения пробиотика при АД у собак [13]. (Рис. 5)

Рисунок 5. В статье отражена эффективность пробиотика при АД (атопическом дерматите) у собак

Генетические нарушения и иммуноопосредованные заболевания кишечника

Очевидно, что существует ряд заболеваний кишечника, при которых иммуноопосредованные механизмы существенно значимы с точки зрения развития патогенеза. К тому же очевидно наличие особенностей наследования. В частности, у людей следует упомянуть такие заболевания, как язвенный колит, болезнь Крона и целиакию [14-16].

Та же тенденция прослеживается и у ряда пород собак, которые могут страдать такими породными заболеваниями, как энтеропатия, опосредованная чувствительностью к глютену (ирландский сеттер), иммунопролиферативные заболевания тонкого кишечника (басенджи), энтеропатия с потерей белка, лимфангиэктазия (норвежская лайка, ротвейлер, мягкошёрстный пшеничный терьер), гранулематозный колит (боксер, французский бульдог) [17-23].

Несмотря на то, что целиакия крайне редко встречается у собак и более описана у людей, патогенез развития заболевания является крайне интересным с точки зрения воздействия глиадина (белка глютена) на кишечную стенку и дальнейшего развития иммуноопосредованных механизмов. Так, глиадин подвергается протеолизу под действием мембранного фермента дипептидилпептидазы-4. После этого фрагменты глиадина связываются с CXCR3-рецептором (англ: C-X-C chemokine receptor type 3; CD183): мембранный белок, хемокиновый рецептор семейства CXCR, продукт гена CXCR3), экспрессирующимся на поверхности эпителиальных клеток. За этим следует MyD88-зависимая передача сигнала (myeloid differentiation primary response gene (88): цитозольный белок, участвующий в передаче сигнала от рецепторов, в данном случае от CXCR3) внутрь клетки. Затем в клетке вырабатывается белок зонулин, который присоединяется к эпителиальному рецептору EGFR (англ: epidermal growth factor receptor, фактор роста энтероцитов) с помощью PAR2 (англ: protease activated receptor 2 рецептор, активированный протеазами, трансмембранный рецептор), что приводит к «разборке» контактов TJ (англ: tight junctions – плотные контакты) между эпителиальными клетками тонкого кишечника. Повышенная проницаемость кишечника позволяет антигенам (включая глиадин) проникать в lamina propria. Презентация одного или нескольких глиадиновых пептидов приводит к отмене оральной толерантности (переключение на ответ Th1/Th17) и значительному увеличению периферических иммунных ответов на глиадин. Кроме того, нагруженные глиадином дендритные клетки мигрируют из тонкой кишки в брыжеечные и / или лимфатические узлы поджелудочной железы, где они представляют эти антигены. Эта презентация приводит к миграции CD4, CD8, αβ Т-клеток в орган-мишень (кишечник и / или поджелудочную железу), где они вызывают воспаление.

Очевидно, что использование безглютеновой диеты предотвращает эту активацию, обусловленную выработкой зонулина и, следовательно, развитие аутоиммунного процесса, направленного на клетки кишечника или на панкреатические β-клетки.

В качестве беззерновой диеты может применяться продукт, разработанный Nestle Purina в рамках линейки кормов PRO PLAN® OPTIDIGEST®. Диета PRO PLAN® OPTIDIGEST® Grain Free formula для взрослых собак была разработана командой экспертов по питанию и не содержит в своём составе зерновых источников белка и углеводов, сохраняя при этом высокую питательную ценность и отличные вкусовые характеристики.

Основным составляющим этой диеты является индейка (16%), а также дополнительные источники белка, включающие сухой белок птицы, сухой горох и соевый порошок. В качестве углеводного компонента выступают беззерновые составляющие, такие как маниока и гороховый крахмал. Также для адсорбции излишка воды и поддержания нормального качества стула у собак добавлен зарекомендовавший себя в ветеринарной практике энтеросорбент – бентонит. Все составляющие диеты PRO PLAN® OPTIDIGEST® Grain Free formula обладают высокой усвояемостью и были специально подобраны для того, чтобы обеспечить наивысшие питательные свойства корма. Формула Grain Free formula позволяет использовать эту диету для собак с подозрением на непереносимость глютена.

При таких заболеваниях, как астма, рассеянный склероз, глиома и некоторых аутоиммунных болезнях может обнаруживаться повышенная кишечная проницаемость и повышенное количество зонулина в сыворотке крови [24].

Воспалительные заболевания кишечника у собак – иммуноопосредованная болезнь?

В связи с данной группой болезней хотелось бы предложить два тезиса:

1. Очевидно, что воспалительные заболевания кишечника, или хронические энтеропатии, — симптомокомплекс, который сопровождает неизученную группу заболеваний.
2. Очевидно также и то, что на сегодняшний день нет эффективных методов лечения.

Первый тезис подтверждает тот факт, что вместо конкретных диагнозов врач клинической практики пользуется классификацией, основанной на принципах ответа на предложенную терапию у таких пациентов. Сегодня есть следующие определения болезней, относящихся к этой группе:

1. энтеропатии, отвечающие на изменение диеты (food-responsive enteropathy: FRE);
2. энтеропатии, отвечающие на антибиотики (antibiotic-responsive enteropathy: ARE);
3. энтеропатии, отвечающие на иммуносупрессанты (immunosuppressant-responsive enteropathy: IRE; также в число этих энтеропатий входит диарея, отвечающая на глюкокортикостероиды (steroid-responsive diarrhoea (SRD));
4. энтеропатия, не отвечающая на лечение (non-responsive enteropathy: NRE).

В пользу второго тезиса свидетельствует тот факт, что выделяют три последующих шага терапии (или, в зависимости от клинической ситуации, их используют одновременно):

• шаг 1 – коррекция диеты;
• шаг 2 – антибиотики;
• шаг 3 – иммуносупрессанты.

Медикаментозная терапия при хронических энтеропатиях

Хроническая энтеропатия, отвечающая на терапию антибиотиками

По определению, энтеропатию можно считать хронической в том случае, если речь идёт о воспалительном процессе кишечника, длящимся более 3-х недель.

Вторым терапевтическим шагом при отсутствии эффекта от смены рациона является применение антибиотиков.

Эффект, возникающий от применения антибиотиков, не вполне ясен. Его связывают как с изменением бактериального фона кишечника, так и с иммуномодулирующим воздействием антибиотических препаратов.

Как правило, используется окситетрациклин, метронидазол и тилозин.

Dandrieux приводит в таблице своей статьи различные дозы этих препаратов.

• Окситетрациклин применяется внутрь дозой 10 мг/кг каждые 8 часов.
• Метронидазол – внутрь дозой 10 мг/кг каждые 12 часов.
• Тилозин – внутрь дозой 20 мг/кг каждые 8 или 12 часов.

При этом автор отмечает, что нет каких-либо чётких представлений в отношении курса антибиотиков. Как считается, применение их 4-6 недельным курсом является обычным в терапевтической практике. Dandrieux, размышляя над этим вопросом и ссылаясь на ряд исследований [25-27], а также автор прекрасной статьи, посвящённой данной теме [28] делает ряд умозаключений, из которых следует, что:

1) вероятно, дозы антибиотиков могут быть ниже рекомендуемых (например, 5 мг/кг тилозина в режиме дозирования каждые 24 часа приведут к ремиссии);

2) независимо от того, какие курсы антибиотиков были использованы, рецидив возникнет примерно через один и тот же период времени после их отмены;

3) целесообразность применения долгосрочной терапии с использованием антибиотиков вызывает сомнение (рецидив на фоне их применения возникнет через полгода-год).

По мнению автора, применение как метронидазола, так и тилозина не приведёт к длительному эффекту, в связи с чем возникает вопрос: насколько рациональным является применение антибиотиков при энтеропатиях в моно-режиме? Автор уверенно дополняет эту мысль другой: если уже в течение 14 дней не будет эффекта от антибиотика, то следует ещё раз оценить ситуацию и при необходимости дополнительно ввести в схему лечения иммунодепрессант.

Автор особо подчёркивает, что роль антибиотиков при энтеропатиях остаётся неясной за исключением случаев гранулематозного колита у боксёров (при этой патологии в слизистой оболочке кишечника обнаруживается Escherichia coli). При этом заболевании эффективным будет применение энрофлоксацина в дозе 10-15 мг/кг каждые 24 часа с первоначальной оценкой ответа на лечение через 14 дней и общим курсом 8 недель.

Антибиотикотерапия при энтеропатии с потерей белка (PLE-protein-losing enteropathy), ассоциированной с абсцессами крипт кишечника или с иными поражениями кишечной стенки, которые будут являться причиной для развития PLE, очевидно, неэффективна [28].

Хроническая энтеропатия, отвечающая на терапию иммуносупрессивными препаратами

Терапия преднизолоном обычно используется в лёгких случаях энтеропатии или в случаях средней тяжести — в том случае, если не было ответа на диету, затем и на антибиотик.

Если болезнь протекает тяжело, или есть энтеропатия с потерей белка, то, как правило, используется комбинация диеты и преднизолона с антибиотиком или без него.

При этом дозы при необходимости могут меняться в сторону увеличения.

Среди препаратов, которые могут использоваться для терапии, рассматриваются такие, как преднизолон, будесонид, циклоспорин и азатиоприн.

Dandrieux, оценивая данные ряда публикаций (среди них: 29-32), подчёркивает, что, в целом все исследования были краткосрочными – менее полугода. Очевидно, автор выражает озабоченность тем, что в таком случае довольно трудно оценить успех от лечения иммунодепрессантами в долгосрочной перспективе, особенно с учётом того, что проблема предполагается в течение всей жизни у таких пациентов. Успех же от краткосрочного лечения составил более 60%. Не было отмечено никакого различия между группами собак, которые получали преднизолон и будесонид. В обеих группах процент собак, выходивших в ремиссию в течение 6 недель, составил более 65%.

Эффективность же использования циклоспорина при болезни кишечника у собак, по разным данным, варьировалась.

Исследования, длившиеся в течение 3 лет, показали, что 48% собак хорошо ответили на преднизолон, и 25% — на циклоспорин.

В отношении азатиоприна были отдельные сообщения о его использовании, в том числе в сочетании с преднизолоном. Но для того, чтобы оценить его эффективность, опубликованных данных было недостаточно.

Dandrieux заключает, что краткосрочный эффект у собак с хронической энтеропатией наблюдался при использовании преднизолона, будесонида и циклоспорина.

Долгосрочное лечение с будесонидом изучено не было; длительная терапия преднизолоном не представляется вполне рациональной.

Циклоспорин может быть полезен в качестве лекарственного средства для тех пациентов, которые не отвечают на преднизолон. Однако, по мнению доктора, желательно провести большее количество исследований для того, чтобы определиться с его реальной ценностью для долгосрочной терапии.

Дозы препаратов, которые авторы рекомендуют для терапии: преднизолон – 2 мг/кг перорально каждые 24 часа; циклоспорин — 5 мг/кг перорально каждые 24 часа.

В исследовании, где отражены результаты по использованию будесонида, были использованы следующие схемы:

• для собак весом 3-7 кг - 1 мг каждые 24 часа перорально;
• для собак 7.1-15 кг - 2 мг каждые 24 часа перорально;
• для собак весом более 30 кг - 5 мг каждые 24 часа перорально [29].

При болезни кишечника у собак, сопровождающейся потерей белка, прогноз заболевания является осторожным.

Среди собак, имеющих хронические энтеропатии, были выявлены те, которые страдают от кишечной лимфангиэктазии, мелкоклеточной лимфомы и крупноклеточной лимфомы. Прогнозы при этих заболеваниях таковы:

• при крупноклеточной лимфоме прогноз наиболее плохой (медиана выживаемости менее 100 дней),
• при мелкоклеточной лимфоме он лучше (медиана выживаемости менее 500 дней);
• при лимфангиэктазии и при иных причинах хронической энтеропатии прогноз наилучший в сравнении с остальными: более 1000 дней.

Ссылаясь на это исследование [33], Dandrieux приводит свои данные по совмещённому лечению собак азатиоприном (доза азатиоприна составляет 2 мг/кг каждые 24 часа перорально в течение 2 недель, затем – в той же дозе – каждые 48 часов) и преднизолоном, и хлорамбуцилом (доза хлорамбуцила составляет 2-4 мг/кг каждые 24 часа перорально) и преднизолоном. При этом автор отмечает, что в той группе, где применяли хлорамбуцил, выживаемость была значительно выше. Размышляя на эту тему и учитывая, что хлорамбуцил может с успехом применяться у кошек с мелкоклеточной лимфомой [34], а также беря во внимание данные иных исследований [33], автор предполагает, что среди собак с PLE может оказаться достаточное количество особей с мелкоклеточной лимфомой. Доктор подчёркивает, что более глубокое понимание вопроса возможно только после проведения дополнительных исследований. В заключение обозначенного выше автор публикации отмечает ряд данных, указывающих на то, что часть собак хорошо реагирует на циклоспорин, часть — на хлорамбуцил (особенно с учётом всё больших данных о мелкоклеточной лимфоме у таких собак). А у некоторых йоркширских терьеров длительная ремиссия будет достигаться с использованием метронидазола (доза метронидазола обычно составляет 10 мг/кг каждые 12 часов перорально), преднизолона и диеты [28].

Хронические энтеропатии, не поддающиеся терапии

По мнению Dandrieux, эффект от краткосрочной терапии не может быть достигнут у 15-40% собак, в то время как долгосрочная терапия может быть успешна только у тех, кто реагирует на диету. Ни применение антибиотиков, ни применение иммунодепрессантов в долгосрочной перспективе пока не представляется обнадёживающим, даже если реакция на лечение на начальном этапе была достигнута.

Автор рассуждает о том, что в общем, основная задача — найти причину развития болезни; с этой точки зрения, возможно, недостаточно внимания было уделено проблеме моторики кишечника, которая может быть недооцененной, а потому недостаточно подверженной соответствующей терапии.

В то же самое время в ряде заболеваний определённая роль отводится микробиоте кишечника. Поэтому применение пребиотиков и пробиотиков является рациональным и многообещающим методом лечения [35-37]. По мнению доктора, несмотря на то, что пока недостаточно публикаций на эту тему, применение этих препаратов будет иметь динамику развития.

Dandrieux приводит во внимание отдельные исследования, посвящённые применению фекальных трансплантантов и мезенхимальных стволовых клеток [28].

Выводы

Подводя предварительный итог, заключим: очевидно, что проблема энтеропатий и дисбиоза у собак и кошек весьма сложна и требует дальнейшего исследования со стороны учёных, особенно потому, что терапия в ряде случаев малоэффективна или не эффективна вовсе.

На сегодня пока не ясно, насколько перспективными являются те альтернативные методы лечения, которые вызывают интерес среди учёных, равно как и то, будут ли они дополнительными к основному лечению, которое используется сейчас, или, при высокой их эффективности, смогут предоставить достойную замену уже существующим методикам терапии хронических энтеропатий у собак.

Тот факт, что при гистопатологическом исследовании нередкой находят лимфоплазмоцитарную инфильтрацию кишечной стенки, приводит к мысли о том, что, возможно, энтеропатии являются иммуноопосредованной проблемой. Эффект же от терапии при этих заболеваниях становится более выраженным при наличии иммуносупрессивных средств в схеме лечения. В связи с этим будет неудивительно, если когда-нибудь учёные смогут объяснить механизмы развития этих патологий, и среди них основными окажутся иммуноопосредованные реакции воспаления.

Возвращаясь же к вопросу иммунитета ЖКТ и развития патологий, в связи с иммунными нарушениями, очевидно, следует отметить, что оральная толерантность, достигающаяся посредством анатомических, физиологических и тонких иммунных механизмов, происходящих в кишечнике, является хрупкой экосистемой, которая может быть нарушена при наличии повреждающих факторов или при условии генетической предрасположенности, что приведёт к развитию тех или иных (в том числе иммунообусловленных) заболеваний.

Список литературы:

1. Abul Abbas, Andrew H. Lichtman, Shiv Pilla; Cellular and Molecular Immunology 9th Edition, 2017

2. Swanson, K.S., Dowd, S.E., Suchodolski, J.S., Middelbos, I.S., Vester, B.M., Barry, K.A., Nelson, K.E., Torralba, M., Henrissat, B., Coutinho, P.M., et al., 2011. Phylogenetic and gene-centric metagenomics of the canine intestinal microbiome reveals similarities with humans and mice. The ISME Journal 5, 639–649

3. Foster, M.L., Dowd, S.E., Stephenson, C., Steiner, J.M., Suchodolski, J.S., 2013. Characterization of the fungal microbiome (mycobiome) in fecal samples from dogs. Veterinary Medicine International 2013, 658373.

4. Suchodolski, J.S., Morris, E.K., Allenspach, K., Jergens, A.E., Harmoinen, J.A., Westermarck, E., Steiner, J.M., 2008. Prevalence and identification of fungal DNA in the small intestine of healthy dogs and dogs with chronic enteropathies. Veterinary Microbiology 132, 379–388.

5. Pavlidis, P., Powell, N., Vincent, R.P., Ehrlich, D., Bjarnason, I., Hayee, B., 2015. Bile acids and intestinal inflammation-luminal aggressors or regulators of mucosal defence? Alimentary Pharmacology and Therapeutics 42, 802–817.

6. Duboc, H., Rajca, S., Rainteau, D., Benarous, D., Maubert, M.A., Quervain, E., Thomas, G., Barbu, V., Humbert, L., Despras, G., et al., 2013. Connecting dysbiosis, bile-acid dysmetabolism and gut inflammation in inflammatory bowel diseases. Gut 62, 531–539.

7. Guard, B.C., Barr, J.W., Reddivari, L., Klemashevich, C., Jayaraman, A., Steiner, J.M., Vanamala, J., Suchodolski, J.S., 2015. Characterization of microbial dysbiosis and metabolomic changes in dogs with acute diarrhea. PLoS ONE 10, e0127259.

8. Minamoto, Y., Otoni, C.C., Steelman, S.M., Buyukleblebici, O., Steiner, J.M., Jergens, A.E., Suchodolski, J.S., 2015. Alteration of the fecal microbiota and serum metabolite profiles in dogs with idiopathic inflammatory bowel disease. Gut Microbes 6, 33–47.

9. Jan S. Suchodolski Diagnosis and interpretation of intestinal dysbiosis in dogs and cats. The Veterinary Journal Volume 215, September 2016, Pages 30-37

10. Suchodolski, J.S., Xenoulis, P.G., Paddock, C.G., Steiner, J.M., Jergens, A.E., 2010. Molecular analysis of the bacterial microbiota in duodenal biopsies from dogs with idiopathic inflammatory bowel disease. Veterinary Microbiology 142, 394–400.

11. Honneffer, J.B., Minamoto, Y., Suchodolski, J.S., 2014. Microbiota alterations in acute and chronic gastrointestinal inflammation of cats and dogs. World Journal of Gastroenterology 20, 16489–16497.

12. MK Alshawaqfeh, B Wajid, Y Minamoto, M Markel, JA Lidbury, JM Steiner, E Serpedin and JS Suchodolski. A dysbiosis index to assess microbial changes in fecal samples of dogs with chronic inflammatory enteropathy. FEMS Microbiology Ecology, 93, 2017, fix136 (doi: 10.1093/femsec/fix136)Advance Access Publication Date: 11 October 2017 Research Article

13. Takafumi Osumi, Takashi Shimada, Masahiro Sakaguchi and Hajime Tsujimoto A double-blind, placebo-controlled evaluation of orally administered heat-killed Enterococcus faecalis FK-23 preparation in atopic dogs Vet Dermatol 2019 (DOI: 10.1111/vde.12725)

14. Kenneth W. Simpson, Albert E. Jergens. Pitfalls and Progress in the Diagnosis and Management of Canine Inflammatory Bowel Disease. Vet Clin Small Anim 41 (2011) 381–398

15. Packey CD, Sartor RB. Interplay of commensal and pathogenic bacteria, genetic mutations, and immunoregulatory defects in the pathogenesis of inflammatory bowel diseases. J Intern Med 2008;263(6):597–606.

16. Perez LH, Butler M, Creasey T, et al. Direct bacterial killing in vitro by recombinant Nod2 is compromised by Crohn’s disease-associated mutations. PLoS One 2010; 5(6):e10915.

17. Garden OA, Pidduck H, Lakhani KH, et al. Inheritance of gluten-sensitive enteropathy in Irish Setters. Am J Vet Res 2000;61(4):462–8.

18. Breitschwerdt EB, Ochoa R, Barta M, et al. Clinical and laboratory characterization of Basenjis with immunoproliferative small intestinal disease. Am J Vet Res 1984;45(2):267–73.

19. Kolbjornsen O, PressCM, Landsverk T. Gastropathies in the Lundehund. I. Gastritis and gastric neoplasia associated with intestinal lymphangiectasia. APMIS 1994; 102(9):647–61.

20. Dijkstra M, Kraus JS, Bosje JT, et al. Protein-losing enteropathy in Rottweilers.Tijdschr Diergeneeskd 2010;135(10):406–12 [in Dutch].

21. Vaden SL, Hammerberg B, Davenport DJ, et al. Food hypersensitivity reactions in Soft Coated Wheaten Terriers with protein-losing enteropathy or protein-losing nephropathy or both: gastroscopic food sensitivity testing, dietary provocation, and fecal immunoglobulin E. J Vet Intern Med 2000;14(1):60–7.

22. Craven M, Dogan B, Schukken A, et al. Antimicrobial resistance impacts clinical outcome of granulomatous colitis in boxer dogs. J Vet Intern Med 2010;24(4): 819–24

23. Tanaka H, Nakayama M, Takase K. Histiocytic ulcerative colitis in a French bulldog. J Vet Med Sci 003;65(3):431-3.

24. Fasano, A. (2011) Zonulin and its regulation of intestinal barrier function: the biological door to inflammation, autoimmunity and cancer. Physiological Reviews 91, 151-175

25.Westermarck , E. , Skrzypczak , T. , Harmoinen , J. , et al. ( 2005 ) Tylosin-responsive chronic diarrhea in dogs . Journal of Veterinary Internal Medicine 19 , 177 – 186

26. Kilpinen , S. , Spillmann , T. , & Westermarck , E. ( 2014 ) Efficacy of two low-dose oral tylosin regimens in controlling the relapse of diarrhea in dogs with tylosinresponsive diarrhea: a prospective, single-blinded, two-arm parallel, clinical field trial . Acta Veterinaria Scandinavica 56 , 43

27. Allenspach , K. , Culverwell , C. , & Chan , D. ( 2016 ) Long-term outcome in dogs with chronic enteropathies: 203 cases . Veterinary Record

28. J. R. S. Dandrieux. Inflammatory bowel disease versus chronic enteropathy in dogs: are they one and the same? Journal of Small Animal Practice (2016) 57, 589–599

29. Allenspach , K. , Culverwell , C. , & Chan , D. ( 2016 ) Long-term outcome in dogs with chronic enteropathies: 203 cases . Veterinary Record

30. Dye , T. L. , Diehl , K. J. , Wheeler , S. L. , et al. ( 2013 ) Randomized, controlled trial of budesonide and prednisone for the treatment of idiopathic inflammatory bowel disease in dogs . Journal of Veterinary Internal Medicine 27 , 1385 – 1391

31 Allenspach , K. , Rufenacht , S. , Sauter , S. , et al. ( 2006 ) Pharmacokinetics and clinical efficacy of cyclosporine treatment of dogs with steroid-refractory inflammatory bowel disease . Journal of Veterinary Internal Medicine 20 , 239 – 244

32. Allenspach , K. , Wieland , B. , Grone , A. , et al. ( 2007 ) Chronic enteropathies in dogs: evaluation of risk factors for negative outcome . Journal of VeterinaryInternal Medicine 21 , 700 – 708

33. Nakashima , K. , Hiyoshi , S. , Ohno , K. , et al. ( 2015 ) Prognostic factors in dogs with protein-losing enteropathy . Veterinary Journal 205 , 28 – 32

34. Stein , T. J. , Pellin , M. , Steinberg , H. , et al. ( 2010 ) Treatment of feline gastrointestinal small-cell lymphoma with chlorambucil and glucocorticoids. Journal of the American Animal Hospital Association 46 , 413 – 417

35. Althani , A. , Marei , H. E. , Hamdi , W. S. , et al. ( 2015 ) Human microbiome and its association with health and diseases . Journal of Cellular Physiology

36 Grzeskowiak , L. , Endo , A. , Beasley , S. , et al. ( 2015 ) Microbiota and probiotics in canine and feline welfare . Anaerobe 34 , 14 – 23

37. Schmitz , S. & Suchodolski , J. ( 2016 ) Understanding the canine intestinal microbiota and its modification by pro-, pre- and synbiotics – what is the evidence? Veterinary Medicine and Science.